Gonore, penyakit menular seksual yang bikin ngeri itu, ternyata nggak cuma betah nongkrong di area kewanitaan atau kejantanan. Dia bisa cosplay jadi traveler dan keliling tubuh, bikin infeksi yang lebih parah. Di Minnesota, Amerika Serikat, kasus gonore yang suka jalan-jalan ini lagi naik daun. Mereka pun turun tangan dengan teknologi canggihan bernama whole-genome sequencing (WGS). Penasaran, kan, gonore jenis apa yang lagi rese di sana?
Gonore yang Hobi Keliling: Kok Bisa, Sih?
Biasanya, Neisseria gonorrhoeae, si bakteri penyebab gonore, itu anteng di saluran kemih atau area genital. Tapi, ada aja oknum yang bandel dan nekat menyebar ke bagian tubuh lain, bikin infeksi sistemik. Kasus kayak gini disebut Disseminated Gonococcal Infections (DGI). Jumlahnya sih nggak banyak, katanya kurang dari 3% dari total kasus gonore. Tapi, efeknya lumayan bikin meriang dan masih misterius jalur infeksinya.
Di Minnesota, Dinas Kesehatan setempat (MDH) rajin banget mantau kasus gonore, baik yang lokal maupun yang suka kelayapan. Mereka punya aturan ketat: setiap ada kasus gonore di area tubuh yang steril, wajib lapor dan nyerahin sampel isolat atau bahan klinis lainnya. Nah, di tahun 2024, kasus DGI di Minnesota melonjak drastis. MDH langsung gercep pakai WGS buat nyelidikin. Tujuannya? Biar tahu strain gonore mana yang lagi nakal dan faktor genetik apa yang bikin dia doyan jalan-jalan.
Lonjakan Kasus DGI: Bukan Sekadar Angka
Tahun 2024, MDH nerima laporan 27 kasus N. gonorrhoeae dari area steril. Ini hampir empat kali lipat dari rata-rata tahunan sejak 2020! Karena ini bagian dari pengawasan kesehatan masyarakat, nggak perlu izin dari dewan peninjau institusi. Dari situ, mereka berhasil mengonfirmasi 23 isolat dari 20 kasus DGI (dua kasus punya lebih dari satu isolat). Identifikasi spesiesnya pakai Biotyper matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) dari Bruker. Ribet amat namanya? Singkatnya sih, buat ngenalin bakteri berdasarkan sidik jarinya.
Buat ngedapetin data WGS, mereka nyiapin library dari isolat pakai Illumina DNA Prep kit, terus diurutin genomnya pakai Illumina MiSeq atau NextSeq 2000. Abis itu, genomnya dirakit dan dibandingin secara filogenetik pakai pipeline Spriggan dan Dryad. Biar tahu jenis urutan (ST) dan struktur gonococcal genetic island (GGI), mereka ngecek genomnya ke database PubMLST. Terakhir, mereka ngelakuin N. gonorrhoeae multilocus sequence typing (MLST) by antimicrobial resistance (NG-STAR) pakai database NG-STAR v2.0 dan identifikasi tipe alel porB. Puyeng, kan? Intinya sih, mereka pengen tahu seluk-beluk genetik si gonore.
ST11184: Biang Kerok di Balik Lonjakan DGI?
Dari 20 kasus DGI yang datanya lengkap, 14 isolat (70%) ternyata sama: ST11184 dan profil NG-STAR 394. Mereka berhasil ngurutin 17 genom jenis ini, termasuk tiga isolat ulangan dari dua pasien. Ada satu genom yang nggak cocok sama profil MLST atau NG-STAR yang udah ada. Genom ST11184 ini punya kemiripan genetik yang beda-beda, dari 0-207 single-nucleotide polymorphisms (SNPs). Kalau diulang pakai metode lain, bedanya 4-168 SNPs. Intinya, ada sedikit variasi genetik di antara mereka, tapi masih dalam satu keluarga besar.
porB1a: Kunci Sukses Gonore Keliling?
Semua genom ST11184 ini punya alel porB1a (tipe porB 14 di NG-STAR). Dua genom lain, termasuk yang nggak cocok sama MLST, juga punya porB1a, tapi tipenya beda (tipe 13 di NG-STAR). Nah, penelitian sebelumnya bilang kalau strain yang punya alel porB1a ini lebih mungkin bikin infeksi yang nyebar. Selain itu, hasil dari PubMLST nunjukkin kalau genom ST11184 nggak punya gonococcal genetic island (GGI), yang biasanya dipakai buat transfer gen resistensi antibiotik dan gen penyebab penyakit.
ST11184: Spesies Lokal yang Baru Muncul?
Buat ngasih konteks ke genom gonore ini, mereka nyari genom serupa di database publik PubMLST dan NCBI Pathogen Detection Browser (PDB). Setelah dibandingin sama lebih dari 60.000 genom N. gonorrhoeae yang ada di database (kebanyakan dari 2015-2024), PDB ngelompokkin 17 genom ST11184 dari Minnesota ke dalam satu klaster sendiri (PDS000214546.1). Awalnya, di klaster ini cuma ada satu genom lain dari isolat infeksi urogenital di Minnesota bulan September 2024. Sisanya? Nggak ada yang mirip! Genom DGI lain dikelompokkin ke klaster lain, kecuali satu yang nggak cocok sama MLST atau NG-STAR.
Kapan ST11184 Mulai Rese?
Mereka juga nyoba ngitung kapan ST11184 ini muncul. Caranya, bikin perbandingan genom inti (core-genome alignment) dan pohon filogenetik dari genom ST11184 Minnesota dan genom publik lainnya. Mereka pakai software Bakta, Panaroo, dan IQTree2, terus dianalisis pakai TimeTree. Hasilnya? ST11184 ini diperkirakan muncul antara Desember 2022 sampai Juni 2023. Interval kepercayaan 90% nya ketemu di bulan Maret-April 2023. Jadi, bisa dibilang ini strain baru yang lagi berkembang di Minnesota.
Korban ST11184: Siapa Saja?
Epidemiolog MDH juga ngelakuin investigasi ke semua kasus DGI yang disebabkan ST11184 (14 kasus). Usia pasien rata-rata 40,5 tahun (28-60 tahun). Delapan pasien (57,1%) ada N. gonorrhoeae di cairan sendi atau sinovial, enam pasien (42,9%) di sampel darah. Tiga belas pasien (92,9%) dirawat di rumah sakit, rata-rata 4,7 hari (2-15 hari). Nggak ada yang meninggal sih. Enam pasien (42,9%) punya penyakit penyerta, kayak diabetes, infeksi menular seksual lain, terapi imunosupresif, atau riwayat penggunaan narkoba suntik. Tiga pasien (21,4%) lagi minum obat pre-exposure prophylaxis (PrEP) buat HIV. Kebanyakan pasien tinggal di daerah Minneapolis-St. Paul (92,9%). Sayangnya, nggak ada hubungan epidemiologis langsung antar kasus.
Pelajaran dari Minnesota: Jangan Anggap Remeh Gonore!
Dari data genom ini, ada beberapa kesimpulan yang bisa diambil. Pertama, ST11184 ini baru muncul di Minnesota dan beda banget sama genom lain dari pengawasan global. Ini nunjukkin kalau dia mungkin belum nyebar ke tempat lain. Kedua, adanya alel porB1a di isolat DGI ngedukung penelitian sebelumnya yang bilang kalau alel ini berhubungan sama infeksi yang nyebar. Ketiga, jarak genetik antar genom ST11184 ini nggak terlalu deket, jadi kemungkinan penularan langsung antar kasus kecil. Ini menimbulkan pertanyaan: jangan-jangan ada kasus infeksi urogenital yang nggak ketahuan?
Ke depannya, pengawasan genom DGI penting banget buat ngebandingin strain yang nyebar dan yang lokal, nyari faktor genetik lain yang bikin gonore jadi traveler, ngurutin isolat DGI dari tahun-tahun sebelumnya, dan ngevaluasi metode filodinamik buat ngelacak wabah gonore. Jadi, intinya, jangan anggap remeh gonore. Kalau nggak diobatin, dia bisa jalan-jalan dan bikin masalah yang lebih serius.
