Ternyata, selama ini kita sibuk mencari jarum dalam jerami, padahal solusi untuk diagnosis tuberkulosis (TB) efusi serosa mungkin sudah ada di depan mata. Bayangkan, alat yang bisa memecahkan teka-teki infeksi TB di tempat-tempat yang sulit dijangkau, seperti rongga pleura, perikardial, dan abdomen. Penasaran? Yuk, kita selami lebih dalam.
Penyakit TB memang bukan barang baru. Di tahun 2022, ada sekitar 10,6 juta kasus TB baru yang terdiagnosis dan 1,3 juta kematian terkait TB di seluruh dunia. TB terbagi menjadi dua kategori utama: TB paru dan TB ekstraparu (EPTB). EPTB sendiri punya banyak “cabang,” dan rongga serosa adalah salah satu lokasi favoritnya.
Infeksi TB pada rongga serosa seringkali muncul sebagai efusi serosa, yang bisa menyebabkan gejala seperti sesak napas, perut kembung, dan edema. Jika terlambat didiagnosis dan diobati, bisa berujung pada komplikasi serius seperti septic thorax, constrictive pericarditis, dan enteric obstruction. Serem, kan? Apalagi, karena rongga serosa itu tertutup, butuh operasi invasif untuk mendapatkan sampel, yang tentu saja meningkatkan risiko dan kesulitan diagnosis.
Metode diagnosis TB konvensional, seperti acid-fast bacilli (AFB) smear, kurang efektif pada efusi serosa yang paucibacillary (jumlah bakteri rendah). Kultur MTB, yang dianggap gold standard, juga menemui tantangan besar dalam kasus ini. Sensitivitasnya rendah dan memakan waktu, sehingga kurang ideal untuk diagnosis dini yang akurat.
Untungnya, kemajuan dalam tes diagnostik molekuler telah membuka harapan baru. Tes seperti Xpert MTB/RIF memang menjanjikan, tapi hasilnya pada efusi serosa masih terbatas. Nah, di sinilah next-generation sequencing (NGS) hadir sebagai game-changer, dengan kemampuannya mendiagnosis infeksi, termasuk TB, secara akurat.
Nanopore Sequencing: Sang Detektif Canggih?
Nanopore sequencing adalah generasi baru metode gene sequencing yang punya beberapa keunggulan dibandingkan NGS, seperti long read lengths, real-time sequencing, dan peralatan portabel. Fitur-fitur ini membuatnya sangat cocok untuk mendeteksi MTB dalam sampel paucibacillary seperti efusi serosa.
Pertanyaannya, seberapa efektifkah nanopore sequencing dalam mendiagnosis TB efusi serosa? Itulah yang coba dijawab oleh sebuah penelitian yang menggunakan spesimen klinis (cairan pleura, efusi perikardial, dan cairan asites) secara langsung. Tujuannya? Mencari cara baru untuk diagnosis dini dan akurat, yang berpotensi mengurangi kebutuhan biopsi invasif dan mempercepat inisiasi pengobatan.
Bagaimana Penelitian Ini Dilakukan?
Penelitian ini merupakan analisis retrospektif efektivitas nanopore sequencing sebagai metode diagnostik TB efusi serosa di sebuah pusat diagnosis dan pengobatan TB. Pasien dengan efusi serosa yang diduga disebabkan oleh TB menjadi partisipan dalam penelitian ini. Nanopore sequencing menjadi index test, dan Xpert MTB/RIF serta kultur menjadi tes perbandingan.
Kriteria suspek TB efusi serosa meliputi gejala terkait TB seperti demam dan keringat malam, hasil USG atau CT yang menunjukkan efusi serosa dengan komposisi sel predominan limfosit dan ADA yang meningkat, hasil gamma interferon release assay (GIRA) atau tuberculin purified protein derivative (PPD) yang positif, komorbiditas dengan TB paru atau TB di lokasi lain, dan tidak adanya infeksi bakteri patogen lain.
Pasien dibagi menjadi tiga kelompok berdasarkan diagnosis klinis akhir: TB efusi serosa terkonfirmasi (hasil smear dan/atau kultur MTB positif), TB efusi serosa probable (gejala TB tipikal, perubahan imaging, hasil PPD dan/atau GIRA positif, hasil pemeriksaan biokimia yang menunjukkan peningkatan ADA, hasil tes diagnostik molekuler lain positif, hasil histopatologi positif, dan respons positif terhadap pengobatan anti-TB), serta efusi serosa non-TB (tidak ada bukti TB pada pengujian efusi, diagnosis tumor atau infeksi bakteri patogen lain, pengobatan anti-TB tidak efektif atau penyakit sembuh tanpa pengobatan anti-TB).
Hasilnya? Apakah Nanopore Sequencing Lebih Unggul?
Selama periode penelitian, 139 pasien menjalani nanopore sequencing pada spesimen efusi serosa. Setelah tujuh pasien lost to follow-up, tersisa 132 pasien dalam kohort akhir. Hasilnya menunjukkan bahwa nanopore sequencing positif pada 102 kasus (98 kelompok TB, 4 kelompok non-TB) dan negatif pada 30 kasus (7 kelompok TB, 23 kelompok non-TB). Kultur positif pada 23 kasus (semua kelompok TB) dan negatif pada 81 kasus (59 kelompok TB, 22 kelompok non-TB). Xpert MTB/RIF positif pada 16 kasus (semua kelompok TB) dan negatif pada 62 kasus (46 kelompok TB, 16 kelompok non-TB). AFB smear, yang hanya dilakukan pada 20 spesimen, positif pada 1 kasus.
Diagnostic Accuracy: Siapa yang Paling Jago?
Hasil penelitian menunjukkan bahwa akurasi diagnostik nanopore sequencing untuk TB efusi serosa jauh lebih baik daripada Xpert MTB/RIF dan kultur. Akurasi diagnostik Xpert MTB/RIF dan kultur serupa. Akurasi nanopore sequencing pada berbagai jenis efusi serosa (pleura, abdomen, dan perikardial) juga serupa dan tidak signifikan secara statistik.
Mengapa Nanopore Sequencing Lebih Menjanjikan?
Kadar MTB dalam TB efusi serosa sangat rendah, sehingga diagnosis patogenetik dini dan akurat menjadi sangat menantang. Performa AFB smear tidak memuaskan, dan kultur MTB kurang efektif dibandingkan pada TB paru. Xpert MTB/RIF memang sedikit meningkatkan diagnosis dini, tapi masih banyak ruang untuk perbaikan.
Kelebihan Nanopore Sequencing Dibanding Metode Lain
Gene sequencing semakin banyak digunakan dalam diagnostik TB. Nanopore sequencing unggul karena keunggulan teknisnya. Penelitian ini menunjukkan bahwa akurasi diagnostik nanopore sequencing pada TB efusi serosa sangat tinggi, dengan sensitivitas yang sangat baik untuk mendeteksi sebagian besar TB.
Tapi, Ada Tapinya…
Spesifisitas nanopore sequencing relatif rendah, dengan beberapa kasus positif palsu. Hal ini mungkin terkait dengan amplifikasi PCR, error rate pada long-read sequencing, risiko kontaminasi sampel, dan jumlah pasien yang terbatas dalam kelompok non-TB. Spesifisitas ini perlu dikonfirmasi dengan penelitian dengan ukuran sampel yang lebih besar.
Selain itu, assay turnaround time untuk nanopore sequencing adalah 48 jam, lebih lama dari Xpert MTB/RIF. Nanopore sequencing juga membutuhkan infrastruktur laboratorium khusus, instrumentasi, dan keahlian operator yang tinggi, serta biaya per tes yang lebih mahal.
Implikasi Klinis dan Masa Depan Nanopore Sequencing
Nanopore sequencing menawarkan potensi besar dalam diagnosis TB efusi serosa. Meskipun masih ada beberapa keterbatasan, keunggulannya dalam sensitivitas dan akurasi dapat membantu dokter mendiagnosis dan mengobati TB efusi serosa lebih cepat dan efektif.
Di masa depan, nanopore sequencing mungkin dapat digunakan untuk mendeteksi mutasi resistensi obat atau koinfeksi, meskipun penelitian ini tidak mengevaluasi aspek-aspek ini lebih lanjut. Selain itu, penelitian lebih lanjut diperlukan untuk mengkonfirmasi temuan ini pada populasi yang lebih besar dan beragam, serta untuk mengevaluasi efektivitas biaya nanopore sequencing dibandingkan dengan metode diagnostik lainnya.
Kesimpulan: Saatnya Beralih ke Teknologi Canggih?
Nanopore sequencing efektif untuk diagnosis cepat TB efusi serosa dan memberikan efek yang sangat positif. Untuk TB efusi serosa paucibacillary, nanopore sequencing mungkin menjadi metode efektif untuk mendeteksi bakteri patogen. Temuan ini memerlukan validasi lebih lanjut melalui studi prospektif yang lebih besar dan mungkin memiliki implikasi untuk diagnostik TB di daerah dengan beban tinggi. Jadi, siapkah kita menyambut era diagnostik TB yang lebih canggih dan akurat?
